Ο Μακεδονικός , είναι ένα δημιούργημα οραματιστών βιοπαλαιστών της προσφυγικής Θεσσαλονίκης. Το 1928 με την αρχική ονομασία «Προσφυγική Ένωση Θεσσαλονίκης» μπαίνει δυναμικά στον χώρο κατατασσόμενη, ως νεοϊδρυθείσα ομάδα, στην Γ’ κατηγορία του τοπικού πρωταθλήματος της ΕΠΣΜ-Θ, αντί της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης. Το 1930 έρχεται η άνοδος στην Β’ Κατηγορία έπειτα από διπλή αναμέτρηση με την ομάδα της Ποντιακής Νεολαίας. Τον Ιούνιο του 1932 η ΠΕΘ ανακηρύσσεται πρωταθλήτρια Β’ κατηγορίας κερδίζοντας σε διπλό αγώνα τον Απόλλωνα Καλαμαριάς. Το 1934 η Ένωση καταφέρνει να κερδίσει και το τίτλο της πρωταθλήτριας Α’ Κατηγορίας.
Το 1936 αποτελεί χρονιά σταθμός για το σύλλογο που μετονομάζεται σε «Μακεδονικός», υιοθετώντας το όνομα της ομάδας που δύο χρόνια πριν είχε διαλυθεί. Στο πρωτάθλημα του 1937-38 πραγματοποιείται η πρώτη επίσημη εμφάνιση του νέου Μακεδονικού με παίχτες τους Φαϊτατζίδη, Καπετανάκη, Σικαλίδη, Βελεστεντζή, Ελευθεριάδη, Όλυμπο, Βαφειάδη, Βενιζέλη, Μαρτίνη και Βούλτσα. Οι παίχτες του Μακεδονικού κάνοντας πολύ καλά παιχνίδια την χρονιά εκείνη και κερδίζοντας ακόμα και τον Π.Α.Ο.Κ. με 2-0 καταφέρνουν να τερματίσουν στην 4η θέση.
Ο Β Παγκόσμιος Πόλεμος και η γερμανική κατοχή οδηγούν σε παύση κάθε αθλητικής δραστηριότητας για τα επόμενα χρόνια. Αθλητές του Μακεδονικού παρατηρούνται εκείνη την εποχή να κατηφορίζουν από τις γειτονιές της Άνω Πόλη και της Νεάπολης στα γηπεδάκια του κέντρου όπου και προπονούνται, ενώ παράλληλα αναπτύσσουν αντιστασιακή δράση. Μάλιστα, ο σύλλογος αλλάζει γραφεία και, από την Μητρ. Γενναδίου, μετακομίζει στο Εργατικό Κέντρο Θεσσαλονίκης. Έτσι, οι ιθύνοντες του συλλόγου έρχονται σε επαφή με τους εργάτες της πόλης, που επισκέπτονται το ΕΚΘ για οικονομική και επισιτιστική βοήθεια στα χρόνια της κατοχής. Ανάμεσα τους, φυσικά, και οι κορυφαίοι ποδοσφαιριστές της πόλης, που αρχίζουν να συνεργάζονται με τον Μακεδονικό.
Το καλοκαίρι του 1945 ξεκινάει την προσπάθεια οργάνωσης του συλλόγου σε όλα τα επίπεδα με την συγχώνευση της ομάδας με τον Ολυμπιακό Τερψιθέας και την απορρόφηση στους κόλπους του συλλόγου νεαρών ικανότατων παικτών, οι οποίοι κυριολεκτικά τον απογειώνουν.
Το 1947 κατακτά για πρώτη φορά τον τίτλο του πρωταθλητή Θεσσαλονίκης και συμμετέχει στο Εθνικό πρωτάθλημα που γίνεται στην Αθήνα καταλαμβάνοντας την 6η θέση της βαθμολογίας με 8 βαθμούς. Τα επόμενα χρόνια ο Μακεδονικός παραμένει στο πρωτάθλημα της Α’ κατηγορίας τερματίζοντας στην 3η θέση το 1953-54,στην 4η το 1954-55, στην 5η θέση το 1955-56, στην 4η θέση το 1956-57.
Το 1955 η ομάδα μετά από επίμονες προσπάθειες των μελών της τότε διοίκησης, αποκτά και επίσημα τις δικές της εγκαταστάσεις, κάτω από την οδό Λαγκαδά και μεταξύ των Συμμαχικών Νεκροταφείων και των Κοιμητηρίων Αγ. Παρασκευής. Το νέο στάδιο εγκαινιάζεεται στις 13 Μαρτίου του ίδιου χρόνου με φιλικό αγώνα με την ομάδα των Ακριτών Συκεών, με λαμπαδηδρομία από το κέντρο της πόλης ως το γήπεδο και παρουσία πλήθος κόσμου και επισήμων της πόλης.
Την χρονιά 1960-’61 η ομάδα με προπονητή τον Θανάση Τασσόπουλο κατακτά το τίτλο του πρωταθλητή της Α΄τοπικής κατηγορίας και έπειτα από την θέσπιση των εθνικών κατηγοριών από την ΕΠΟ, ανεβαίνει στην Β’ Εθνική κατηγορία όπου αργότερα μετατρέπεται σε επαγγελματική κατηγορία. Την περίοδο 1966-67 αρχίζει να διαφαίνεται η ανάκαμψη του συλλόγου με την κατάκτηση της 5ης θέσης της βαθμολογίας με προπονητή τον Κώστα Καρακομνηνό και υπεύθυνο ποδοσφαιρικού τμήματος τον Γ.Ιωαννίδη.
Το καλοκαίρι του 1968 κατακτά τον τίτλο του πρωταθλητή στο θερινό Κύπελλο ΟΠΑΠ στα Τρίκαλα, και την χρονιά που ακολουθεί τερματίζει στην 9η θέση του 3ου ομίλου της Β’ Εθνικής.
Έχει μεσολαβήσει το έργο διαπλάτυνσης της οδού Λαγκαδά που σήμανε την αναγκαστική αλλοίωση του χαρακτήρα του σταδίου του Μακεδονικού, το οποίο – μικρότερο πια – μπορούσε να χρησιμοποιείτα μοναχά ως προπονητήριο και όχι για τέλεση αγώνων. Χωρίς γήπεδο και με πενηχρά μέσα και πόρους, η διοίκηση του συλλόγου επενδύει όλα τα χρήματα από την εκποίηση του σταδίου στην αγορά γραφείων στο κέντρο της πόλης, χρησιμοποιώντας κάποια ως δική της έδρα και εκμισθώνοντας τα υπόλοιπα προκειμένου να βρει σταθερά εισοδήματα και να ανακάμψει.
Στο μεταξύ έχει βρεθεί ο χώρος για το νέο στάδιο, δίπλα στο στρατόπεδο «Καρατάσου». Με πολύ αίμα και ιδρώτα ώστε να εξασφαλιστούν οι – ίδιοι – πόροι (καθώς ο Μακεδονικός δεν έλαβε την παραμικρή χρηματοδότηση από την Γενική Γραμματεία Αθλητισμού για τον σκοπό αυτό), το νέο στάδιο εγκαινιάστηκε το 1967. Το μέγεθος του Μακεδονικού επιβεβαιώθηκε από την λαμπρή τελετή εγκαινίων, παρουσία 10.000 φιλάθλων και με την διεξαγωγή παρέλασης και ενός τουρνουά στο οποίο συμμετείχαν οι μεγαλύτερες ομάδες της πόλης: ΠΑΟΚ, Άρης, Ηρακλής!
Το έτος 1968 αποφασίζεται η μετωνομασία σε «Μακεδονικός Θεσσαλονίκης», ενώ το 1974, για οικονομικούς λόγους, ο Μακεδονικός συγχωνεύεται και με τον ΑΠΟ Νεάπολης Θεσσαλονίκης (στη Νεάπολη είχε ο σύλλογος αρκετά ισχυρή βάση υποστηρικτών) και μετονομάζεται σε Α.Π.Σ. Μακεδονικός Νεαπόλεως, ενώ του παραχωρείται και η γνωστή σε όλους «παράγκα», ένα ιστορικό μικρό κτίσμα που στέγασε τους φίλους του συλλόγου για πολλές δεκαετίες.
Ωστόσο, η μακρόχρονη και αρκετές φορές επιτυχής πορεία της ομάδας στην Β’ Εθνική κατηγορία φτάνει στο τέλος της, την περίοδο 1974-75 όπου έρχεται ο υποβιβασμός στην Α ερασιτεχνική της ΕΠΣΜ. Το 1977 η ομάδα κατακτά και πάλι την κορυφή της βαθμολογίας της Α’ ερασιτεχνικής κατηγορίας της ΕΠΣΜ με 41 βαθμούς.
Τον Ιούλιο του 1978 αναλαμβάνει την διοίκηση του συλλόγου ο Θωμάς Βουλινός και ο Μακεδονικός διαγράφει την νέα του πορεία στο πλαίσιο του επαγγελματικού ποδοσφαίρου πια, με την ίδρυση της ΠΑΕ. Η ομάδα φεύγει πλέον από το επίπεδο του ερασιτεχνισμού και κατατάσσεται στις μεγάλες ομάδες της χώρας.
Το 1980 με ποδοσφαιριστές όπως ο Γ. Λέτσκας, Γ. Αρβανιτίδης, Α. Σταυρίδης, Ε. Γυφτάκης, Χ. Τσιλιγκιρίδης, Κ.Μπήκας, Κ. Μπήκας, Ζ. Παγίδης, Γ. Νικολούδης, Θ. Βιρτζαμάνης, Φ. Πένος, Δ. Σταυρίδης, Λ. Υφαντίδης, Θ. Ασλανίδης, Δ. Παπαδόπουλος, Γ. Καραπατάκης, Β. Γεωργιάδης, Κ. Τσαρσιταλίδης, Α. Ζάιος, Θ. Σεντελίδης, φτάνει μέχρι τα ημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδας όπου αποκλείεται από την μετέπειτα κυπελλούχο Καστοριά.
Την δεκαετία του ’80 οι ποδοσφαιρικές επιτυχίες του Μακεδονικού κορυφώνονται. Το 1982 ο Μακεδονικός με προπονητή τον Γιώργο Χασιώτη μέχρι τον Δεκέμβριο και τον Ντίνο Παπαγιαννάκη, και παίχτες όπως ο Γ. Φανάρας, Σ. Αρβανιτίδης, Α. Σταυρίδης, Κ. Ηλιάδης, Κ. Μπήκας, Χ. Παρτσόγλου, Α. Καλλιμάνης, Π.Κερμανίδης, Ξ. Ρούσσος, Χ. Τερζανίδης, Κ. Δράμπης, Β. Περιστερόπουλος, Α. Μελισσόπουλος, Ν. Ευαγγέλου, Θ. Βιρτζαμάνης, Γ. Νικολούδης, Φ. Πένος, Δ. Τόμης, Δ. Σταυρίδης, Γ. Παπαδόπουλος, ανακηρύσσεται Πρωταθλητής Βορείου Ομίλου της Β’ Εθνικής συγκεντρώνοντας 52 βαθμούς σε 38 αγώνες και ανεβαίνει για πρώτη φορα στην ιστορία του στα σαλόνια της Α’ Εθνικής κατηγορίας.
Την περίοδο 1982-83 το γήπεδο της Πολίχνης γνωρίζει στιγμές μεγάλης δόξας αλλά αποδεικνύεται μικρό για τους χιλιάδες φιλάθλους των «πρασίνων» στην Α’ Εθνική. Στον αγώνα με τον Ολυμπιακό στις 05/06/1983 καταγράφεται ρεκόρ θεατών, αφού κόπηκαν 9.422 εισιτήρια.
Ο νεοφώτιστος Μακεδονικός με νέους παίχτες στο ρόστερ του όπως ο Γ.Καραμίχαλος, Μ.Σουγάριν, Π.Μποϊκόγλου, Η.Ατματζίδη, Χ.Γιαννακούλα, Η.Κατσανίκα, Κ.Κουρουζίδη, Γ.Ρήγα, Β.Τσιγγούλη, Α.Γαλάνη και υπό της οδηγίες των προπονητών Φιορέλ Κράους και Μιχάλη Μπέλη τελικώς δεν καταφέρνει να κρατηθεί στην κατηγορία αφού γνώρισε την ήττα με 3-2 σε αγώνα μπαράζ από τον Πανιώνιο, στο γήπεδο του Βόλου.
Την περίοδο 1986-87 και έπειτα από 4 χρόνια στην Β’ Εθνική καταλαμβάνει την 16η θέση της βαθμολογίας και υποβιβάζεται στην Γ’ Εθνική κατηγορία όπου μένει για ένα χρόνο και επανέρχεται στην ξανά Β΄Εθνική.
Το 1991 αναλαμβάνει την διοίκηση της ΠΑΕ ο Ν.Χασιρτζόγλου, όπου χαρακτηρίζεται από την δύσκολη οικονομική κατάσταση της ΠΑΕ και την φθίνουσα πορεία της με αποτέλεσμα την ίδια χρονιά η ομάδα να κατατάσσεται 17η που συνεπάγεται με ακόμα ένα υποβιβασμό στην Γ’ Εθνική κατηγορία.
Το 1993-94 καθορίζεται ως η τελειωτική χρονιά για την ΠΑΕ με τον υποβιβασμό της ομάδας στην Δ’ Εθνική κατηγορία και τίθεται όλο το ποδοσφαιρικό τμήμα υπό την προστασία του ΑΠΣ Μακεδονικός και αναλαμβάνει ο Φώτης Μουτεβέλης.
Το 1995 επιστρέφει μετά από πολλά χρόνια χρόνια στο τοπικό πρωτάθλημα της Α1 κατηγορίας της ΕΠΣΜ οπού μετά από ανεπιτυχή αποτελέσματα στα μπαράζ ανόδου για 7 συνεχόμενα χρόνια, τελικώς η ομάδα καταφέρνει και επανέρχεται στο πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής το 2002 κατακτώντας το πρωτάθλημα της Α1 κατηγορίας της ΕΠΣΜ κερδίζοντας στα μπαράζ ανόδου τον Καμπανιακό.
Από το 2006 το ποδοσφαιρικό τμήμα αποτελεί μέριμνα αποκλειστικά από το νεοεκλεγέντα πρόεδρο Παύλου Ανδρώνη με στόχο την βελτίωση της οικονομικής κατάστασης του συλλόγου και οι αγωνιστικοί στόχοι αποβλέπουν την επάνοδο της ομάδας στην Γ΄ Εθνική κατηγορία, το οποίο επετεύχθη την χρονιά 2007-08 με την κατάκτηση του πρωταθλήματος της Δ’ Εθνικής κατηγορίας.
Η ομάδα τελικώς δεν καταφέρνει να κρατηθεί πάλι στην Γ’ Εθνική κατηγορία και υποβιβάζεται την ίδια χρονιά στη Δ’ Εθνική, όπου παραμένει μέχρι το 2013, χρονιά κατά την οποία γνωρίζει ξανά το υποβιβασμό στην Α1 ερασιτεχνική κατηγορία.
Την περίοδο 2016-2017, πραγματοποιώντας εκπληκτική πορεία στο πρωτάθλημα της Α1 ΕΠΣΜ, ο Μακεδονικός αναδεικνύεται πρωταθλητής και παίρνει το εισιτήριο για τα μπαράζ ανόδου στην Γ’ Εθνική κατηγορία. Αν και φαβορί για την κατάκτηση μία εκ των δύο θέσεων για την άνοδο, όντας καλύτερη ομάδα των αντιπάλων του, για εξωαγωνιστικούς λόγους δεν ανεβαίνει στη Γ’ Εθνική κατηγορία. Την ίδια χρονιά και συγκεκριμένα στις 17/02/2016 στέφεται κυπελλούχος ΕΠΣ Μακεδονίας επικρατώντας στο τελικό, στο γήπεδο της Τούμπας, με 2-1 του Θερμαϊκού Θέρμης με δύο γκολ του Γιάννη Παπαποστόλου.
Την επόμενη χρονιά η ομάδα του Μακεδονικού κρατώντας το βασικό κορμό παιχτών στην ομάδα πραγματοποίησε άλλη μια εκπληκτική πορεία (22 νίκες -7 ισοπαλίες – 3 ήττες) καταφέρνοντας να κατακτήσει για δεύτερη συνεχή χρονιά το πρωτάθλημα της Α1 ερασιτεχνικής κατηγορίας. Σε αγώνα τελικού play-off ο Μακεδονικός αντιμετώπισε στο γήπεδο της Ευκαρπίας στις 21 Μαΐου 2017, τον Ολυμπιακό Κυμίνων , όπου με δύο γκολ του Παπαποστόλου και ένα του Λυκίδη επικράτησε με 3-1, παίρνοντας την πολυπόθητη άνοδο στην Γ’ Εθνική κατηγορία που βρίσκεται μέχρι σήμερα.
Κερδίζοντας την καθιέρωση στα εθνικά πρωταθλήματα ξανά, ο Μακεδονικός προετοιμάζει σιγά σιγά την επιστροφή στα επαγγελματικά πρωταθλήματα. Την σεζόν 2021/22, οι «πράσινοι» αναδεικνύονται πρωταθλητές στον 2ο όμιλο της Γ Εθνικής και συμμετέχουν στα μπαράζ ανόδου στην Super League 2. Μετά από έξι αγώνες, η ομάδα του Γιώργου Αμανατίδη καταφέρνει να σηκώσει ψηλά την σημαία του Μακεδονικού και να πετύχει την επιστροφή στα επαγγελματικά πρωταθλήματα μετά από 32 χρόνια, όπου βρίσκεται μέχρι και σήμερα.